A fokhagyma jól tolerálható és hosszú távon is biztonságosan alkalmazható. Napjainkban még mindig korlátozottak és nem egybehangzóak a fokhagymára vonatkozó klinikai vizsgálatok, népszerűsége azonban töretlen a növényi gyógyszerek körében. A népi gyógyászat immunerősítőként, lázcsillapítóként és vizelethajtóként is alkalmazta.
A fokhagyma terápiás hatását az allicin alkotórésznek tulajdonítják, mely alkotórész felelős egyben a szagáért is. Az allicin és származékainak szervezeten belüli pontos felszívódási mechanizmusa csak részben ismert. A fokhagyma elfogyasztása után kilélegzett levegőből tudható hogy az allicin és származékai bekerültek és gyors lebomlás során hasznosultak a szervezetben.
A fokhagyma kis mértékben hatással van a koleszterin szintre, de a közhiedelemmel szemben nem befolyásolja a vérnyomást és a vércukorszintet. Klinikai vizsgálatok összehasonlító elemzéséből elmondható, hogy a napi 600-900 mg fagyasztva-szárított fokhagyma készítmény adagolásával a vér összkoleszterin-szintje és triglicerid-szintje körülbelül 12%-al csökkent. Ez az adag nagyjából 0,5-1 gerezd fokhagymának felel meg.
Szív és érrendszeri betegségek megelőzésében a fokhagyma jótékony hatású. Gátolni tudja a vérlemezkék összetapadását és kis mértékben javítja a vérzsírok arányait, kivonata direkt értágító hatású.
Humán vizsgálatok alapján a fokhagyma nagy adagban fogyasztása csökkenti a vastagbél- és végbélrák kockázatát. Laboratóriumi kísérletekben baktérium- és gombaelemes hatása is bizonyított.
A fokhagyma étrendi kiegészítés után 50%-al csökken a vér saquinavir szintje, ezért Saquinavir kezelésben részesülő HIV betegek részére nem ajánlott, mert a gyógyszer szintjének csökkenését eredményezheti.
